So populär die Motetten Bachs sind, so problematisch ist ihre Überlieferung. Nur von 2 Motetten sind Autographe und von Bach verwendete Stimmen erhalten, bei allen anderen müssen wir uns mit mehr oder weniger zuverlässigen Abschriften begnügen. Die derzeitigen Ausgaben der Motetten Bachs stützen sich im Wesentlichen auf den seinerzeit maßgeblichen Text der Neuen Bachausgabe (1965). Inzwischen sind jedoch weitere Abschriften bekannt geworden, und unser Wissen um die Überlieferung der Werke Bachs hat sich erheblich vermehrt. Die komplizierte Quellensituation der Bachschen Motetten wurde einer kritischen Neubewertung unterzogen. Das Ergebnis ist ein in zahlreichen Details veränderter Werktext, mit dem wir hoffen, den Intentionen Bachs ein gutes Stück näher gekommen zu sein.

Carus bietet die Motetten J. S. Bachs in zwei Ausgaben an:
Der Band 31.224 enthält alle Motetten mit zusätzlichen englischen Singtexten und einer ausgesetzten Generalbassstimme. Auf beides wurde in dem handlichen Band 31.224/10 verzichtet.
Beide Bände enthalten die fünf gesicherten Motetten Bachs (BWV 225–229) sowie die beiden wahrscheinlich von ihm stammenden Motten „Lobe den Herrn, alle Heiden“ (BWV 230) und „Ich lasse dich nicht“ (BWV Anh. 159).
Das umfangreiche, vermutlich nur teilweise auf Bach zurückgehende Pasticcio „Jauchzet dem Herrn, alle Welt“ (BWV Anh. 160) aus Kantatensätzen Telemanns und Bachs ist nur im umfangreicheren Band 31.224 enthalten.

Zu allen Motetten gibt es Einzelausgaben und Chorpartituren.